由于编纂的时间太仓促，缺乏顺帝时代的资料，全书没有完成，于是派欧阳佑等人到全国各地调集顺帝一朝资料，于洪武三年二月六日重开史局，仍命宋濂、王祎为总裁，率领赵埙，朱右、贝琼等十五人继续纂修，经过一百四十三天，七月初一书成，增编顺帝纪十卷，增补元统以后的《五行》、《河渠》、《祭祀》、《百官》、《食货志》各一卷，三公和宰相表的下卷，《列传》三十六卷，共计五十三卷。然后合前后二书，按本纪、志、表、列传厘分后，共成二百一十卷，也就是现在的卷数。两次纂修，历时仅三百三十一天。
元朝虽不足一百年，但怎么也说也是大一统的王朝，且疆域辽阔，若是从成吉思汗算起，其实时间也不算太短，这样的一个王朝，修的史书竟用了不足一年的时间，其中的记录可想而知了，明显是太仓促了，做得不够细腻，更别说，这本史书是在迎合朱元璋要求的前提下编修的，光是史官就有好几波，宋濂倒也罢了，人家毕竟是正儿八经的文学之士，可朱元璋为了彰显自己求才若渴，征来山林隐逸之士汪克宽、胡翰、赵埙等十六人参加纂修，这些的才学着实让人怀疑，事实证明，《元史》因为时间仓促，编纂人数太多，导致许多不足之处，就资料而言，在长期战乱之后，史籍散失很多，一时难以征集，很难完备，已经收集到的资料，限于翻译条件，也没有得到充分利用。如《元朝秘史》以及元朝的蒙古文典籍、档案等等，都是很大的缺憾。所指出的问题主要是：随得随抄，前后重复，失于剪裁；又不彼此互对，考定异同，时见抵牾。如本纪或一事而再书，列传或一人而两传。同一专名，译名不一。史文译改，有时全反原意。沿袭案牍之文，以致《河渠志》、《祭祀志》出现了耿参政、田司徒、郝参政等官称而不记其名。又据案牍编宰相年表，仅删去其官衔而不予考订，以致有姓无名。
《元史》列传照抄碑志家传之类，取舍不当之处甚多。改写纪年的干支，竟有误推一甲子六十年的情况，使史实完全错乱。史料中没有具体庙号的皇帝，改写时弄错的例子甚多，如将tai祖误为太宗，太宗误为tai祖，宪宗误为世祖，世祖误为宪宗等。纂修人对前代和元朝蒙古族的制度也不熟悉，如宋朝各州另有军号、郡名，《地理志》述沿革，却写成某州已改为某军、某郡之类。又如蒙古各汗的斡耳朵，汗死“其帐不旷”，由后代后妃世守以享用其岁赐，《后妃表》编者竟据此名单列为某一皇帝的妻妾。如此等等。所以清人钱大昕嘲笑“修《元史》者，皆草泽腐儒，不谙掌故”，
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