在治理会通河的同时，金纯与工部侍郎徐亨、蒋廷瓒又疏浚黄河故道，使这里的人民免遭洪灾的侵害。:7777772e766f6474772e636f6d
在治理两河过程中，金纯奔波于工地南北各段，风餐露宿，既对朝廷负责，又为百姓着想。会通河浚通，不仅使国家经济得到发展，同时也使百姓安居乐业。为此，金纯得到了明成祖朱棣的信任和重用，同时，也得到当地人民群众的爱戴和崇敬。永乐十四年，金纯被提任礼部左侍郎，时隔两月，又晋升为礼部尚书。山东、河南人民为了感谢和纪念金纯，在开封府禹庙禹王庙中设置金纯配亭，进行祭祀，山东汶上县人民专门建祠，祭祀宋礼和金纯。此事在大明一朝影响极大，金纯也被认为是大明朝最有能力的干吏之意。
他倒也不负这个名头，从永乐十九年，明朝国都由南京迁往北京，成祖朱棣为了安定民心，稳定局势，查处贪官污吏，选派二十六名官员，分赴全国各地进行巡察，以慰问军民，查处不法官吏。金纯与给事中葛绍祖奉命巡抚四川。在四川，他们深入百姓中，微服私访，考核审查官吏，惩办贪官污吏，使蜀川得以安定。
在成祖朱棣执政的二十二年中，金纯忠心耿耿，勤于国事，为民除害，使民安乐。以他那忠厚、和平、老成的品性，超然出众的才华、气魄，清正廉洁的吏风及功勋卓著的政绩，博得了成祖朱棣的高度信任，也得到了广大人民群众的尊崇。尽管如此，金纯毫不居功自傲，也不愿享受特权。朱棣在位时，曾多次要封赠金纯子孙官爵，而金纯对皇上的”荫恩之意”，一直”坚持不受”，他不愿子孙躺在自己的功劳簿上享受高官厚禄和特权。
永乐二十二年七月，明成祖朱棣亲率兵将征讨犯敌阿鲁台明东部蒙古首领，班师回京途中，于榆木川今内蒙古多伦西北病逝。同年八月，太子朱高炽即皇帝位仁宗，改年号”洪熙”。先调任金纯为工部尚书，后又改任金纯为刑部尚书。在金纯任刑部尚书期间，他严格执法，认真、公正地掌管刑狱事务，”务宽大以教育为主，慎刑罚以重民命。”同时，严格要求下属官吏，严禁贪赃枉法，不准妄行拷打罪犯，因而在他任职期间，狱中没有一个瘐死因饥寒或疾病而死者。
因金纯政绩卓著，仁宗朱高炽加封金纯为资政大夫、刑部尚书兼太子宾客，同时御制封诰六道：金纯祖父金成为资政大夫、刑部尚书；
金纯祖母张氏为夫人；
金纯父亲金文炳为资政大夫、刑部尚书；
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