既然福建官府愿意主动出力解决海汉力有不逮的后勤运输问题，那么海汉这边也的确就没什么其他的后顾之忧了。剩下来需要讨论的，就是双方如何在行动当中能协调一致，做到令行禁止。
这种跨阵营的指挥体系在大规模作战中无疑是一个难题，而且此次战场是无边无际的大海，各支部队之间的联络通信手段往往只能依靠旗语和烟火，战场上的沟通效率也会受其影响。去年两次在南日岛海域作战期间，海汉海军和福建水师多数时候都是分开行动，一个很重要的原因就是因为双方在指挥体系上的差异没办法在短时间内得到融合。
不过南日岛战役之后的半年多时间里，福建水师倒是有了不少机会和驻金门岛的民团海军一起合练。加上福建明军中本来就有不少将官曾经接受过海汉的短期军事培训，合练起来进度倒也不慢。时至今日，提前数月到金门岛与海汉海军合练的数艘海汉造战船已经基本能够跟上海汉的节奏了。
但这也仅仅只是福建官府此次参战的其中一支军队而已，此次将要出动参战的船只将多达三百余艘，与海汉海军提前进行过合练的不过十之二三。当然了，福建水师并没有这么多战船可用，其中有一多半是从漳泉两州临时征调的民船，在战时充当运送士兵和物资的工具。而这些临时征调的船只在此之前并没有经过专门的训练，福建水师所能做的也就只是派出一些水兵到这些船上去担任领航和指挥。
如果在海上爆发大规模的混战，这些船只未必能如臂指使地发挥出应有的作用，反倒是容易因为沟通不畅而拖了自己人的后腿。因此在开战之前，双方就必须要先商定一些战时沟通、辨识身份以及处理突发状况的办法。
4月17日，福建明军的参战部队也基本完成了集结，水陆两军都已经在中左所做好了开战前的准备。而福建官府为此所调集的各种作战物资，也正源源不断地送抵中左所和金门岛两处军事基地。
近日漳州泉州的大规模人员物资调动并没有进行掩饰，而这样的大动作也瞒不过海峡对面的澎湖。事实上在海汉大部队开进福建当天，就已经有消息传回到澎湖。
海汉民团大部队的到来对于十八芝来说绝对是一个坏到不能再坏的消息，尽管在此之前郑芝龙等人对于局势恶化到这样的程度已经有了一定的预计，但心里难免都还存有一丝侥幸，认为海汉的动作或许不会这么快。当这天真正来到的时候，十八芝上上下下还是陷入到了难以抑制的恐慌之中。
在消息传开的当天晚上，就有
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