当方腊又与陈箍桶、方肥等摩尼教首领迅速集结藏匿于帮源洞附近的教众，挥军往外冲杀的过程中，先后遭遇吴玠、王渊等西军军将率部截杀，惨烈突围一番，兵马损失惨重。终于在重重禁军的围剿堵杀之下，于江南率领摩尼教众揭竿而起的方腊，却是为忠州防御使辛兴宗麾下兵马所俘虏，连同教中几员首领人物也尽被生擒活拿。这些时日于帮源洞附近围剿与反围剿的战事之中，被杀的摩尼教徒便达七万之众。
至于另外一个弃守润州，率军走海路南下的摩尼教首领吕师囊，他又转战东南地域侵州夺县，可是却在征讨官军调拨部曲前去征讨之际，于石峡口被宋将姚平仲所部禁军击败，随后吕师囊又与几股摩尼教余部会合奔逃，却被宋军折可存所部人马追击至黄岩县断头山一带，吕师囊据险坚守数日，却被宋军迂回包抄，从高处奇袭杀至，吕师囊所部教众被杀得溃散奔逃，折可存与所部骁将杨震身披重铠、冒矢突阵，力战过后生擒吕师囊，其麾下残存的江南十二神头领也尽皆被杀。
方腊连同其宗族家眷也被押往东京汴梁问罪发落，自然也免不得以造反大罪身遭剐刑而被处死，轰轰烈烈的江南摩尼教起义，至此终以失败而告终。
宋军马步军各部并着军中招讨使臣传下军令，教把生擒到贼徒伪官等众，其余从贼，都就当地市曹斩首施行。招讨众官，又都在睦州治所设太平宴，庆贺众将官僚，赏劳三军将校，传令教先锋头目，收拾朝京，军令传下，各各准备行装，陆续登程。
连同征讨大军主帅童贯在内，本来是前至江南征剿摩尼教各部宋军将官期盼赴京返朝，俱受论功封赏的时期，可是在睦州清溪县郊外，却又发生了一桩变故。
原来在当地县城之外有处瓦窑住着个唤作王娇娇的倡妓，而那处瓦窑所属的村坊社老（村社领袖之意）举报说有个名为杜微的摩尼教贼首曾私访王娇娇，倒也不是要藏匿躲避，而是索要来当初他私养王娇娇这倡妓时于瓦窑内所存放的钱帛，只说如今摩尼教圣公方腊虽然兵败被擒，可他与几个兄弟另有要务要逃离江南，是以前来取盘缠上路。而那社老当即报官，立刻也有搜捕摩尼教余孽的官军大加搜捕，倒也真在清溪县以东十余里开外的地界追查到几个形迹可疑的男女。
当时双方厮杀了一番，而那几个贼人也是各个武艺高超，前去搜捕的官军本来抵敌不得，索性厮杀过一番过后，终于又有千余兵马前去驰援。终于杀了两个负隅顽抗的贼人，只是余者仍要逃遁而去。
睦州府衙核实在逃罪犯
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